22 июня Борис Немцов и газета «Коммерсантъ» подали жалобы в Европейский суд по правам человека. Жалобы касаются решения московских судов по иску Лужкова, в которых тот требовал опровергнуть шесть фрагментов доклада «Лужков. Итоги» и фразу «Я считаю, что Лужков – коррупционер и вор, а я – нет», которая была опубликована в газете «Коммерсантъ».

Итогом заседаний Замоскворецкого районного и Московского городского судов стало решение о том, что Немцов и «Коммерсантъ» должны опровергнуть всего лишь одну фразу доклада: «Для большинства москвичей не секрет, что все уровни московской власти коррумпированы <...> тлетворный пример для московской бюрократии – Лужков и его жена». Помимо опровержения Борис Немцов и газета выплатили по полмиллиона рублей.

В своём блоге Немцов пишет о мотивах обращения в Страсбургский суд: «Мы считаем, что московские суды и московская власть грубейшим образом нарушили Европейскую Конвенцию о правах человека. А именно 6, 10 и 18 статьи.»

Немцов обосновывает претензии по каждой из статей:
«6-я статья говорит о праве граждан на справедливый и непредвзятый суд. Какая уж тут справедливость и непредвзятость, если все известные мне тяжбы Лужкова против своих оппонентов заканчивались в пользу мэра. Вспомним хотя бы Лебедева, Гозмана, Жириновского, Надеждина.»

«10-я статья Конвенции нарушена тем, что у нас в стране не допускается свобода выражения мнения, в том числе критического, в отношении коррумпированной власти.»

«И, наконец, нарушение 18-й статьи, довольно редкой в применении, заключается в том, что действия правительства Москвы, в частности, требование Лужкова взыскать многомиллионные штрафы с «Коммерсанта», меня, а теперь еще и с Жириновского, предприняты не для защиты чести и достоинства, а для устрашения, как нас, так и всех, кто критикует московский режим.»